引起头痛的病因众多，大致可分为原发性和继发性两类。
前者不能归因于某一确切病因，也可称为特发性头痛，常见的如偏头痛、紧张型头痛;后者病因可涉及各种颅内病变如脑血管疾病、颅内感染、颅脑外伤，全身性疾病如发热、内环境紊乱以及滥用精神活性药物等。
神经痛、颅内感染、颅内占位病变、脑血管疾病、颅外头面部疾病、以及全身疾病如急性感染、中毒等均可导致头痛。
常引发头痛的颅脑感染如脑膜炎、脑膜脑炎、脑炎、脑脓肿、颅内寄生虫感染(如囊虫、包虫)等。急性感染如流行性感冒、 肺炎等疾病。
蛛网膜下隙出血、脑出血、脑血栓形成、脑栓塞、高血压脑病、脑供血不足、脑血管畸形等。
三叉神经、舌咽神经及枕神经痛。头面五官科疾患如眼、耳、鼻和牙疾病所致的头痛。颈椎病及其他颈部疾病引发头颈部疼痛。
此外经常过度劳累，长期熬夜，睡眠不足，精神压力过大，或者是大量饮酒等都会导致头痛的。
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